이집트는 모세뿐만 아니라 아기 예수님의 피난처로도 성경에 기록되어 있습니다(마2:13).
모세를 건져냈다고 전해지고 있는 갈대 숲 바로 옆에 고대 건축양식인 돌 세 개에 십자가를 세운 오래된 교회가 있는데, 교회 서편 마당에서 강에 이르기까지 석굴이 뚫려 있고 강기슭까지 계단이 정결하게 놓여 있습니다. 이곳은 아기 예수님이 이집트로 피난 길에 잠시 머물렀다가 파피루스 배를 타고 상 이집트로 간 곳으로 전해지고 있습니다

콥틱(콥트) 교회는 마가가 말년에 알렉산드리아로 와서 복음을 전하면서 시작됐다고 합니다．
콥틱 교회는 수도원 운동이 시작된 교회로 콥틱교인들이 콥틱어로 번역한 신약성서는 오늘날 성경사본연구에 중요한 자료가 되고 있습니다.

콥트 교회는 이슬람권 이집트에 압도적으로 많은 주요 그리스도교 교회입니다.
7세기 아랍인이 점령하기 이전의 이집트 민족은 그들 자신과 그들의 언어를 그리스어로 '아이지프티오스(Aigyptos)', [아랍어로는 (qibt), 콥트(copt)는 서구화된 발음]라 불렀습니다. 그뒤 이집트의 이슬람교도들이 '아이지프티오이(Aigyptos)'라는 칭호를 쓰지 않자 이 용어는 소수 종교집단인 그리스도교도들만을 가리키는 뜻이 되었습니다.

이집트의 교회는 2세기 이후 그리스도교 교의(삼위일체론과 그리스도론) 형성에 중요한 역할을 하였으나, 451년 칼케돈공의회(公議會)에서 채택된 그리스도론(칼케돈신조)을 거부하고, 교리적으로 그리스도 단성론(신과 그리스도는 단일한 본성을 가진다고 하여, 그리스도의 인성보다 신성을 강조하는 설)을 채용하여 비잔틴제국 교회와 결별하였습니다.
이 일은 7세기 이후 이집트가 아랍화·이슬람화하여 콥트인이 소수파로 머무르고 있는 오늘에 이르기까지 일관되고 있으며  콥트 교회는 641년 이집트가 이슬람화된 후 모진 박해 속에서도 신앙의 순수성을 지키려고 애쓰고 있습니다. 콥트교도들의 손목에 새겨진 십자가 문신은 기독인으로서의 자부심을 잃지 않으려는 하나의 상징으로 보입니다.

박사들이 돌아간 뒤, 주의 천사가 꿈에 요셉에게 나타나  “헤롯이 아기를 찾아서 죽이려고 하니, 일어나서, 아기와 어머니를 데리고 이집트로 피신하고, 내가 네게 일러줄 때까지 그 곳에 있어라.” 요셉이 일어나서, 밤 사이에 아기와 그 어머니를 데리고 이집트로 피신하여, 헤롯이 죽을 때까지 거기에 있었다. 이것은 주께서 예언자를 시켜서 말씀하신 바 “내가 이집트에서 내 아들을 불러냈다”하신 말씀을 이루려고 하신 것이었습니다(마태복음 2:13∼15).

신약의 마태복음은 다른 복음서와는 달리 예수님의 탄생의 비밀을 많이 이야기하고 있습니다. 그 중에도 이집트로의 피난여행은 매우 독특한 면이 있습니다. 왜냐하면 마태는 예수님의 탄생에 얽힌 이집트의 피난여행을 구약에 나타난 하나님의 약속을 이루기 위한 예정된 섭리였다고 쓰고 있기 때문이다. 물론 이는 마태의 독특한 신학에 비롯된 것이지만 분명한 것은 이집트로의 피난여행이 역사적이라는 점입니다.

그래서인지 몰라도 이집트에는 예수님의 피난여행과 관련된 성지가 많이 있습니다. 특히 이집트에 살아있는 콥트 교회의 전승에 따르면 예수님의 피난여행은 이집트의 사막에서 부터 카이로를 거치고 나일 중류까지 배로 올라가 끝내 다이르 알 무하라크(쿠스쾀 동굴)에 머무른 것으로 되어 있습니다. 이집트의 기독교인들은 그 곳곳마다 성모 마리아의 기념교회를 세워 예수님의 피난여행을 기억하고 있습니다. 성모 마리아가 도피 중에 한 나무그늘 아래서 쉬었다는 헬리오폴리스지역, 나트룬 오아시스 등이 그러합니다.